Une organisation ne peut fonctionner sans un minimum d’administration. Le Secrétariat International à Paris offre le soutien administratif nécessaire aux activités de la Fédération et à ses communautés membres. Ce Secrétariat est responsable de l’organisation des réunions internationales, il conseille et guide les zones et les communautés en matières financières, administratives et légales et gère les finances de L’Arche Internationale.

Le Secrétariat collabore avec des fondations et autres organisations, telles que la Communauté Européenne, et assure le bon fonctionnement de la Fédération.

Avec le nouvel énoncé de mission, un des champs d’action principal de L’Arche Internationale est la structure même de la Fédération. Un nombre croissant de membres souligne l’importance de réviser la Constitution existante, le mode de gouvernance actuel et la répartition de l’autorité dans la Fédération. Les ressources humaines doivent être allouées à des fonctions émergentes et leur continuité doit être assurée par le siège de la Fédération.