Una organización no puede funcionar sin un mínimo de administración. La Secretaría Internacional, con sede en París, ofrece el apoyo administrativo necesario para las actividades de la Federación y de sus comunidades miembro. Esta Secretaría es responsable de la organización de las reuniones internacionales; además, aconseja y guía a las zonas y a las comunidades en cuestiones financieras, administrativas y legales. Así mismo, administra las finanzas de El Arca Internacional.

La Secretaría colabora con fundaciones y otras organizaciones como la Comunidad Europea y asegura el buen funcionamiento de la Federación.

Con la nueva declaración de la misión, uno de los principales campos de acción de El Arca Internacional es la estructura misma de la Federación. Un número creciente de miembros enfatiza la importancia de revisar la Constitución existente, el actual modelo de gobernación y la repartición de autoridad en la Federación. Deben asignarse recursos humanos para las funciones emergentes y su continuidad debe ser asegurada por la sede de la Federación.